#include<iostream>
#include<conio.h>
#include<string>
using namespace std;
char unCAPS(int state, char symbel)
{
    char out_symb;
    if (((int)symbel >= 65 && (int)symbel <= 90) && state ==0)
    {
        out_symb = (char)(symbel + 32);
        return out_symb;
    }

    if (((int)symbel >= 97 && (int)symbel <=122 ) && state == 1)
    {
        out_symb = (char)(symbel - 32);
        return out_symb;
    }

    return symbel;
}

int main()
{
    char str[10000] = { NULL }, str2[10000] = { NULL };
    int state = 1;
    cin.get(str, 10000);
    for (size_t i = 0; i < strlen(str); i++)
    {
        str2[i] = unCAPS(state, str[i]);
        if ((int)str[i] != 32)
        {
            state = 0;
        }
        if ((int)str[i] == 46 || (int)str[i] == 33 || (int)str[i] == 63)
        {
            state = 1;
        }

    }
    for (size_t i = 0; i < strlen(str2); i++)
    {
        cout << str2[i];
    }

    return 0;
}

Ты тестировал локально? Если нет, то попробуй. В http://acm.timus.ru/help.aspx?topic=cpp в самом конце указано, как пользоваться #ifndef ONLINE_JUDGE (на сервере этот код не выполнится, а у себя на компьютере тестировать удобно). И смотри, нет ли на выводе, например, лишних пробелов в конце или вроде того.

You don't need conio.h
You should use csting or string.h for strcpy.
Did you really try to compile and run it?

You shouldn't use ascii codes. "str[i] == '.'" is better then "(int)str[i] == 46".
Why do you think that first non-space symbol in sentence is word? Why not "-"?
You should read task carefuly. 2 lines in example is 1 test. You only process first line.